Proces med prekinitvijo dihanja
Med prekinitvijo dihanja se znižuje nasičenost krvi s kisikom. Daljša kot je prekinitev, večji je lahko padec kisika. Pri obstruktivni spalni apneji je dihalni napor ohranjen, dihalna pot pa je delno ali popolnoma zaprta.
Mikroprebujanja
Ko telo zazna padec kisika in povečan dihalni napor, pride do kratkega mikroprebujanja. Takrat bolnik pogosto globoko zajame zrak, kar lahko svojci slišijo kot hlastanje za zrakom. Teh prebujanj se bolnik večinoma ne zaveda.
Vpliv na spanec
Pogosta mikroprebujanja porušijo strukturo spanja. Bolnik lahko ne dosega dovolj globokega spanja, zato se poslabšata kakovost in količina spanca; čez dan se pojavljajo zaspanost, slabši spomin, slabša zbranost in razdražljivost.
Vpliv na telo
Ponavljajoča nihanja kisika in mikroprebujanja aktivirajo simpatični živčni sistem ter izločanje stresnih hormonov, kar dolgoročno obremenjuje srčno-žilni sistem.